Tutoriales/docs.
FLV vs H.264 (F4V/MPEG4)
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https://www.webtvsolutions.com/support.php?s=other_docs&d=flv_vs_h264_vs_webm&lang=en
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FLV
Es un formato anterior al H.264/MPEG4 y que se utilizó (y se sigue utilizando) para distribuir vídeos por Internet a través del reproductor Flash, por esta razón se popularizó rápidamente y se convirtió en el estándar para la distribución de vídeos por Internet. No obstante, es un formato que inicialmente se basaba en una variante propietaria del antiguo estándar H.263 (Sorenson Spark). Flash Player 8 permitió la utilización de un nuevo tipo de FLV, basado en la tecnología On2 TrueMotion VP6, que permitía conseguir una mayor calidad que el original a cambio de requerir un poco más de potencia de cálculo (más CPU).Un formato sin futuro
El FLV es un formato que está desfasado y cada vez se usa menos. Se recomienda utilizar H.264.
H.264
Es la tecnología de compresión detrás del formato MPEG4, que permite generar archivos más pequeños y de mayor calidad respecto a otros formatos. Por esta razón, es el formato de compresión más utilizado del momento y, además, es el formato por excelencia para la distribución de contenidos en alta definición (HD). Pero la calidad tiene un precio: se requiere más poder de CPU para codificar y decodificar los vídeos, esto quiere decir que, sobre todo, los equipos antiguos pueden tener problemas para reproducir "fluidamente" los vídeos comprimidos en este formato.F4V
A partir del Flash Player 9 r3 Adobe comenzó a soportar el formato H.264 en su reproductor Flash, y de allí surgió el nuevo F4V, que no es más que un vídeo comprimido con la tecnología H.264/MPEG4 "encapsulado" dentro de un archivo con extensión .F4V; esto abrió un nuevo mundo de posibilidades para la distribución en masa de vídeos de alta calidad así como en alta definición.
Formato para el presente y el futuro / HTML5
El formato MPEG4 (H.264) es el formato preferido para utilizar con el estándar HTML5 y, por supuesto, con Flash. Comprimir los vídeo en este formato garantiza la mejor calidad y compatibilidad entre tecnologías y dispositivos.
¿Cuál es el mejor?
El formato MPEG4 (H.264) es el mejor y el más compatible, de hecho, es el formato que recomendamos. No obstante, si Ud. no tiene inconveniente en comprimir vídeos en calidades adicionales, Ud. puede estudiar la posibilidad de reservar una de las calidades de la WebTV ( "normal", por ejemplo), para incluir archivos FLV, pensando en usuarios que tengan PCs antiguas o poco potentes.Más información:
Wikipedia: H.264/MPEG-4 AVC
Wikipedia: Flash Video (FLV)